有機物的甲烷發(fā)酵不是由單一的甲烷菌所能完成的。甲烷發(fā)酵主要包括兩個階段，第一階段為產(chǎn)酸階段，首先將有機物水解生成單體化合物，進一步分解成各種脂肪酸、二氧化碳和氫氣，各類脂肪酸最終分解成醋酸、二氧化碳和氫氣；第二階段為產(chǎn)甲烷階段，醋酸、二氧化碳和氫氣轉(zhuǎn)化成甲烷。這兩個階段幾乎同時發(fā)生，但卻是由完全不同的微生物參與的完成，參與甲烷發(fā)酵的微生物主要有發(fā)酵細(xì)菌、產(chǎn)酸菌、專性質(zhì)子還原菌、醋酸菌及甲烷產(chǎn)氣菌。